Cobijado por una voluminosa roca que le sirve de techo natural, se accede al interior del monasterio por una puerta moderna y corriente, que cierra otra más antigua de arco de medio punto. Se abre un vestíbulo cuadrangular al que afluyen las escaleras que nos conducen a la segunda planta y nos bajan a las dos estancias que componían el primitivo monasterio prerrománico, sobre el que Sancho Ramírez construyó el monasterio de San Juan de la Peña.