Las dos salas principales que destacan en la primera planta del Monasterio Viejo son: la Sala de Concilios y la Iglesia Baja.
Sala del Concilio:
Primera Planta
Es la primera estancia que nos encontramos al descender por las escaleras. Se conoce con este nombre porque se creía que en ella se celebró un falso concilio,en tiempos de Ramiro I (1057).
Sin embargo, corresponde al primitivo dormitorio de los monjes, que fue reconstruido en el S. XI. Es una amplia sala, dividida en cuatro tramos, por arcos de medio punto que reposan sobre pilares cruciformes. Está cubierta por bóvedas de cañón y se encuentra iluminada por unas finas aspilleras que hay en el muro de los pies.
A un lado, podemos contemplar una fuente por donde fluye el agua. La tradición cuenta que en este lugar se castigaba a los pecadores a través del "gota a gota" que caería sobre sus cabezas de forma interrumpida. De la sala del concilio, pasamos al primitivo núcleo del monasterio de los santos Julián y Basilisa, fundado en 920, de lo que queda la Iglesia Baja.
Iglesia Baja:
De estilo mozárabe, compuesta por dos naves iguales que terminan en sus correspondientes ábsides rectangulares. Las dos naves están separadas por dos arcos de herradura apeados en una pequeña columna.
En las capillas absidiales se pueden ver restos de pinturas al fresco del S. XII. En el lado del Evangelio presentan una crucifixión y una escena martirial referente a San Cosme y San Damián. La iglesia hispánica del S.X corresponde a la parte superior de las escaleras, la inferior corresponde a una ampliación del S.XI que tiene lugar al construir la Iglesia Románica o Alta. En esta parte inferior se encuentran las tumbas de cinco abades.