El Parque Nacional de Aigüestortes i Estany de Sant Maurici presenta una gran diversidad biológica. Se han descrito 1.471 especies vegetales, de las cuales el 7.8% son endemismos pirenaicos, además de contar con un 14.5% de especies de distribución estrictamente boreo-alpina o ártico-alpina.
La vegetación está formada sobre todo por bosques de pino silvestre , pino negro y abeto, con abundantes pastizales donde faltan los árboles. También hay, más diseminados, bosques de abedules y hayas. Hongos, algas, musgos y líquenes enriquecen todavía más esta privilegiada región del Pirineo.
Flor silvestre
En los prados encontraremos numerosas especies de flora alpina destacando las gencianas, el ranúnculo de los Pirineos y el musgo en flor. También tienen mucha importancia las especies vegetales presentes en las turberas y en los lagos como la hierba lagunera y las diferentes orquídeas.
El mosaico formado por los prados, las rocas, la flora, los bosques y el agua da lugar a una serie de paisajes de una belleza extraordinaria.
Respecto a la fauna podemos decir que actualmente viven en el Parque casi 200 especies de vertebrados, de los cuales dos terceras partes son aves.
Sarrio
Entre los mamíferos destacan el armiño, la marmota, el corzo y el sarrio o "isard". Es importante resaltar también la presencia esporádica del oso pardo en los valles próximos.
Las aves constituyen un grupo muy numeroso e importante entre la fauna del Parque Nacional. Por este motivo ha sido declarado ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves) por el Estado, al amparo de la Directiva 79/409/CEE.
Podemos destacar especies como el pito negro, el urogallo, la lechuza de tengmalm, el buitre leonado, el águila real, el quebrantahuesos, la perdiz nival y el treparriscos, entre otras.
Salamandra
Entre los anfibios destaca por su rareza el tritón pirenaico, la víbora y la culebra lisa europea. En los ríos y lagos vive la trucha, que encuentra en las aguas limpias y frías del parque su hábitat idóneo.
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